Aigri par les succès héroïques et la popularité grandissante de Superman, Lex Luthor forme une dangereuse alliance avec le puissant ordinateur/méchant, Brainiac. Utilisant des armes de pointe et un type spécial de kryptonite récolté dans les recoins de l'univers, Luthor modifie Brainiac pour qu'il vainque spécifiquement l'Homme d'acier. Mais lorsque Brainiac trahit Luthor et révèle ses plans sinistres de domination du monde, Superman doit braver la mystérieuse Zone Fantôme pour trouver la force de survivre à cette confrontation mortelle.